Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem administracji rządowej niezespolonej podległym Ministrowi Finansów. Naczelnik wykonuje zadania przy pomocy Urzędu Skarbowego.
Jako organ administracji rządowej niezespolonej podlega bezpośrednio Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku. Status prawny urzędu skarbowego reguluje ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej.
Minister Finansów w drodze zarządzenia określił organizację urzędu skarbowego oraz nadał mu statut - Zarządzenie Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów.