Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem administracji rządowej niezespolonej podległym Ministrowi Finansów. Naczelnik wykonuje zadania przy pomocy Urzędu Skarbowego.
Jako organ administracji rządowej niezespolonej podlega bezpośrednio Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku. Status prawny urzędu skarbowego reguluje ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. poz. 1947, z późn. zm.)
Minister Finansów w drodze zarządzenia określił organizację urzędu skarbowego oraz nadał mu statut - Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. poz. 41).